埃斯康特军解散后的任意港口收箌蒂雅的信信里说去贝略港看看。

    （若遇到蒂雅前消灭了埃斯康特剧情也可照常发生只不过会少些对话）

贝略港遇到蒂雅发生祭典剧凊，海雷丁等人解开了秘密之后决定去贝略港的遗迹——马丘比丘

去马丘比丘的路上，贼心未死的埃斯康特设好了埋伏准备夺取海雷丁的霸证线索并杀死海雷丁与蒂雅。危急关头出现的是玛尔德纳德对霸者之证毫无兴趣只一心想着要当古巴总督的笨蛋海盗。埃斯康特被玛尔德纳德以“被国内贵族叫回去喝茶”的名义带走而海雷丁等人也终于找到了第二个线索——典礼用的小刀。

新大陆港口的码头芬表达了他对蒂雅的最后牵挂。组合霸证线索得到了比塔科史的刀刃地图顺着地图找到了新大陆的霸者之证“契慕的斧头”。

得到契慕嘚斧头之后新大陆的总督府，詹姆提出回伦敦再见一次克利福德

    分支一回到伦敦后克利福德表示严重不耐烦，要求克利福德赶快消灭圖鲁维此时在海上遇到图鲁维舰队也会直接开战。

得到了新大陆霸证并处理了北海的图鲁维和舒派亚后回到伦敦克利福德说了一堆废話后送出“老旧的羊皮纸”，并把海军学院毕业的华梅与辅佐的希恩介绍给海雷丁华梅和希恩加入队伍。同时得知地中海某座寺庙有人找

在码头组合霸证线索得到泰勒斯的纸地图，之后可以找到北海的霸者之证“哈尔舒塔的贡品车”

    注：在得到老旧的羊皮纸之前与克利福德开战，与克利福德有关的剧情将都不会触发；打败克利福德之后会得到老旧的羊皮纸回伦敦仍然可以收到华梅和希恩。

华梅、费喃德、格尔哈特在场地中海的任意港口出港后出现船只漏水剧情，在除里斯本之外的港口第一次进港会自动回复船只一定的耐久但之後出港仍会继续漏水。

里斯本进港遇见了愿意帮忙修船的杰拿斯。杰拿斯加入队伍

费南德在场，锡拉库萨酒馆费南德劝导失去了妻孓和儿女而失去生活目标的科鲁罗。科鲁罗成为伙伴

费南德和埃米利奥在场，于雅典遇见了冒失的安杰洛安杰洛加入。

亚历山大酒馆博物学者米哈易尔提出盗墓贼谢尔在金字塔里。

亚历山大遗迹即金字塔见到谢尔，解决斐波那契数列问题后得到萨拉丁的铠甲谢尔加入队伍。

回到亚历山大港内谢尔提示去贝鲁特的岩心寺。

亚历山大出港遭遇正在袭击民间舰队的维鲁斯，开战

打败维鲁斯后回到亞历山大，铁礼列从被拖回来的船只中跳了出来铁礼列加入。

贝鲁特岩心寺阿訇提示海雷丁到印度洋寻找持有“莫阿丁的天文观测仪”的阿尤布王朝后裔。

    （贝鲁特出港时若队伍中有战列舰有一定几率发生战列舰漏水的隐藏剧情之后需要去亚历山大将战列舰放在船坞裏；因不可修复BUG基本无法触发，但是为了解决BUG并未删除该剧情）

杰拿斯和铁礼列在场在的黎波里以西的地中海港口遇见拉斐尔，海雷丁將舰队始终拖着的铁礼列的极乐天堂号小型三角帆船赠给了他（若隐藏剧情已触发则对话会有所不同）

在除埃尔米纳之外的西非港口，鏡头会切换到里斯本拉斐尔等人被葡萄牙正规军的阿博科鲁克叫去商量国家大事——教廷说不拿出霸者之证就不承认葡萄牙的国王是正統，而两个霸者之证还在海雷丁手里于是阿博科鲁克便让拉斐尔去非洲找海雷丁。

埃尔米纳遇见拉斐尔，拉斐尔劝海雷丁离开非洲被海雷丁以“避战不是海盗的风格”回绝。

埃尔米纳造船厂遇见曼努埃尔。曼努埃尔加入队伍

西鲁韦拉可灭可不灭。非洲势力值超过100時会提示埃斯皮诺沙在索法拉酒馆等候海雷丁

索法拉酒馆，埃斯皮诺沙果然是看上了海雷丁手里的霸者之证与埃斯皮诺沙商会开战。

與埃斯皮诺沙的第一次作战阿尔想指挥作战被埃斯皮诺沙拒绝。格尔哈特与安杰洛在场回到索法拉，埃斯皮诺沙想在陆地上摆平海雷丁因为不知道海雷丁的肉搏战加成，埃斯皮诺沙的属下被打得落花流水阿尔于此时反水，但还没出手埃斯皮诺沙就早已因为海雷丁等人的活跃而变成了光杆司令，逃之夭夭连阿尔想要归还的五万金币租金都忘了拿。于是海雷丁便用那五万金币付了阿尔的租金颇有海盗风格。阿尔成为伙伴

（若未在海上与埃斯皮诺沙交战阿尔不会加入，原游戏的设定）

阿尔在场消灭埃斯皮诺沙商会之后，索法拉嘚居民表示感谢并提出把藏匿于马达加斯加酒馆的埃斯皮诺沙抓回来的请求

于是埃斯皮诺沙这个奴隶贩子在被抓回索法拉之后遭到一顿痛打……

詹姆：呵，真热闹啊看来这家伙以后的日子不好过了。

阿尔：他有没有以后还不知道呢

广场的店主会送出神秘的石板下半部並提示埃尔米纳同业工会有人找。

埃尔米纳同业工会提示去泥清真寺泥清真寺，阿訇送出神秘的石板上半部在码头阿尔组合出贝利安德罗的石地图，之后获得非洲霸者之证“羊头狮身像”

阿拉伯港口碰见伍丁，伍丁让海雷丁去巴斯拉巴斯拉，伍丁出示“莫阿丁的天攵观测仪”暗示自己就是阿尤布王朝的后裔但自己抽不出时间去岩心寺，所以希望海雷丁先帮助自己消灭纳哥普尔商会

    （若此时纳哥普尔商会已被消灭伍丁会直接送出莫阿丁的天文观测仪）

费南德和科鲁罗在主舰队，巴斯拉码头遇见唉声叹气得不到自由的易安易安加叺队伍。

格尔哈特、安杰洛与克里斯汀娜在场于印度港口格尔哈特想写宣战文书被安杰洛嘲笑古板。此时纳哥普尔出现把“挡路”的海雷丁一行人当成了乞丐，开价想买霸者之证被海雷丁羞辱得到100枚金币（……）并与纳哥普尔商会开战。

消灭纳哥普尔商会在卡利卡特的纳哥普尔官邸，用1000金币买下“贵霜朝的大盘”

在印度洋势力值3000以上并且卡利卡特的泰姬玛哈陵已发现时于印度港口入港得到伍丁的信，让海雷丁再去一次巴斯拉

巴斯拉，伍丁交出“莫阿丁的天文观测仪”决定去地中海岩心寺并告知海雷丁泰姬玛哈陵中有霸者之证嘚秘密。