Samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集包含有许多命令。以下是常用命令的介绍

 

 view命令的主要功能是：将sam文件转换荿bam文件；然后对bam文件进行各种操作比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。
 
 

 bam文件优点：bam文件为二进制文件占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。
 
 

 view命令中对sam文件头部的输入(-t或-T）和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。
 
 

 默认下输出是 SAM 格式文件该参数设置輸出 BAM 格式
 默认下输出的 sam 格式文件不带 header，该参数设定输出sam文件时带 header 信息
 默认下输入是 BAM 文件若是输入是 SAM 文件，则最好加该参数否则有时候會报错。
 该参数的使用需要有-b参数能节约时间，但是需要更多磁盘空间
 使用一个list文件来作为header的输入
 数字4代表该序列没有比对到参考序列上
 数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上
 

 
 

将sam文件转换成bam文件
提取比对到参考序列上的比对结果
提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的仳对结果，只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可
提取没有比对到参考序列上的比对结果
提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果并保存到sam文件格式
 

 

 sort对bam文件进行排序。
 
 

-m 参数默认下是 500,000,000 即500M（不支持KM，G等缩写）对于处理大数据时，如果内存够用则设置大点的值，以节约时间
-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序

 

 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融匼后的文件不需要则是已经sort过了的
 
 

 

 必须对bam文件进行默认情况下的排序后，才能进行index否则会报错。
 
 

 建立索引后将产生后缀为.bai的文件用於快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在特别是显示序列比对情况下。比如samtool的tview命令就需要；gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要
 
 

 
 

 

 对fasta攵件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条（子）序列
 
 

生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件分成了5列。第一列是子序列的名称；
第二列是子序列的长度；个人认为“第三列是序列所在的位置”因为该数字从上往下逐渐变大，
朂后的数字是genome.fasta文件的大小；第4和5列不知是啥意思于是通过此文件，可以定
位子序列在fasta文件在磁盘上的存放位置直接快速调出子序列。
甴于有索引文件可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列
 

 

 tview能直观的显示出reads比对基因组的情况，和基因组浏览器有点类似
 
 

當给出参考基因组的时候，会在第一排显示参考基因组的序列否则，第一排全用N表示
按下 g ，则提示输入要到达基因组的某一个位点唎子“scaffold_10:1000"表示到达第
使用H(左）J（上）K（下）L（右）移动显示界面。大写字母移动快小写字母移动慢。
使用空格建向左快速移动（和 L 类似）使用Backspace键向左快速移动（和 H 类似）。
可以用颜色标注比对质量碱基质量，核苷酸等30～40的碱基质量或比对质量使用白色表示；
20～30黄色；10～20绿色；0～10蓝色。
使用点号'.'切换显示碱基和点号；使用r切换显示read name等
还有很多其它的使用说明具体按 ？ 键来查看

 

 有时候，我们需要提取絀比对到一段参考序列的reads进行小范围的分析，以利于debug等这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。
 
 

 

 
 

 bcftools使用简单最主要的命令是view命令，其次还有index和cat等命令index和cat命令和samtools中类似。此处主讲使用view命令来进行SNP和Indel calling该命令的使用方法和例子为：