日,西北野战军第2纵队改称为中国人民解放军第2军,隶属第一野战军建制。1949年6月编入第一兵团。日进驻喀什辖四师（编步兵3个团）、五师（编步兵4个团）、六师（编步兵3个团，骑兵1个团）。1950年5月兼喀什军区，隶属新疆军区领导。军部驻在今农三师四十一团招待所、艾提尕广场附近等处，1950年4月搬迁到疏勒县现南疆军区驻地。
1953年4月,第2军番号撤销,军部整编为南疆军区;第4师整编为步兵第4师;第5、第6师整编为新疆农业建设第1师（驻阿克苏）第2师（驻焉耆，1960年迁库尔勒）。
第2军第4师
1949年2月，由西北野战军第2纵队独立第4旅改称中国人民解放军第2军第4师。日，二军四师到达喀什。12月1日，师部与十团进驻今喀什市自来水公司一带。1952年4月，四师师部与十团同时搬迁莎车。
1953年3月改编为国防师，命名为“中国人民解放军步兵第4师”，归新疆军区建制。1978年10月，第4师整编为新疆军区第一个摩托化师，1985年，整编为新疆军区步兵第4师，执行北方甲种摩托化步兵师编制。
1996年，第4师列入应急机动作战部队。
第5军第13师
1949年11月，从北疆调来三区革命军1个团进驻喀什。1950年初，三区革命军整编为中国人民解放军第五军；由新疆民族军原特克斯骑兵第一团为基础扩建，组成中国人民解放军第5军第13师，师部驻今喀什地区公安处址。1952年3月，兼喀什军分区。1953年5月，由第13师师直组成南疆军区喀什军分区，
部队改编为生产部队农业建设师。三十八团改编为独立骑兵第三团，1969年撤销。
新疆军区步兵第6师 [喀什市莎车县]-代号--3 部队],
1966年5月军委办公会议第264次会议讨论中央军委首长、周恩来总理，批准成立一个高原师后，于
日总参下达文件，通知新疆军区批准成立高原师，军委决定以“现有的步兵二、四团，阿里支队和南疆高炮营，共6200人为基础，再增加定额4000人，合计10020人，组织一个高原师和阿里、天文点、空喀山口防区的边防部队。”
日，中央军委授予高原师番号为中国人民解放军陆军第6师，下辖步兵十六、十七、十八团和炮兵三—一团。师部和各团的代号依次称：“、、8141部队,(六师及所属各团，自日起，启用军委授予的番号、代号，撤销原使用的番号、代号)归南疆军区领导。日总参谋部、总后勤部
批示是：“师部率十六团驻莎车，十七团团部2个营驻墨玉、1个营驻皮山，十八团驻疏勒四师师部原驻地，炮兵团驻疏勒四师炮兵团原驻地......，喀喇昆仑山山上一个团，由各团轮流驻守......。”
&南疆军区日下达《关于组建陆军第六师奉新疆军区转军委命令》。南疆军区
1968年第三次联合办公会议决定：“陆军六师已组建就绪，师临时党委已成立，自日12时起，对所属部队（包括十六、十七、十八团、炮兵团，高炮营）实施全面领导（后组建团级麦盖提农场）。”
1969年，新疆军区骑兵3团建制撤销，所属6个连队调归6师。1985年9月，陆军第6师整编为新疆军区步兵第6师，执行北方乙种步兵师编制，所辖步兵第16、第18团执行教导团编制，步兵第17团执行北方甲种步兵团编制。1986年3月，步兵第16团由步兵第11师代管（1990年1月仍归第6师领导）。1990年3月，由北方乙种步兵师整编为高原摩托化步兵师，所属3个步兵团均改编为高原摩托化步兵团。1995年3月，由高原摩托化步兵师整编为北方乙种步兵师。2003年，改建为机械化步兵师，，成为人民解放军装甲兵部队中惟一采用轻重结合、轮履混编形式的装甲机械化部队
步兵第16团改建为师装甲团，同时组建师防空团。
&第六师下辖各团的组成。
第16团：代号69213 部队,原123.36222部队,原第16团
,驻叶城县。曾驻叶城县、疏勒县、莎车县。1952年3月，为统一边卡防务，第一野战军第一兵团第二军教导团3营接替蒲犁各卡守卫任务，改编为边卡营，担负赛图拉、蒲犁防区防务。1953年初，整编为步兵四师十一团三营（仍执行守防任务）。1955年步兵四师十一团三营扩编为公安边防第四十九团，该团于日改称中国人民解放军南疆军区公安边防团，
1959年4月改称为新疆军区骑兵第六团，1961年改编为新疆军区步兵第二团，另组建边防营。1985年9月，第16团执行教导团编制，1986年3月，第16团由步兵第11师代管（曾移驻托克逊,1990年1月仍归第6师领导）。2003年，步兵第16团改建为师装甲团。代号69213部队，驻叶城县。
第17团：代号69214 部队,驻和田,原代号.
部队。根据总参谋部日批准，曾驻皮山,叶城[1营],机械化步兵团，新疆军区步兵二团分别整编为二、四、六、七团。步兵第四团即十七团前身。1985年9月，步兵第17团执行北方甲种步兵团编制。
1990年3月，改编为高原摩托化步兵团。
第18团： 代号69215
部队,驻疏勒县,原代号部队.前身为藏北（阿里）骑兵支队。1950年2月，二军从四师、五师和军部抽调30多名干部组成指挥机关，由骑兵第八师第二十三团和骑兵大队、第五师独立团、军直骆驼大队在于阗成立了独立骑兵师，下辖一、二、三团，另外还有一个骆驼运输团。其中国民党起义部队改编的骑兵第八师第二十三团被改编为独骑师一团。1952年3月独骑师撤销，已进入阿里的部队组成藏北骑兵支队，属西藏军区序列，一切由南疆军区领导。步兵六师组建时改为十八团。前身为阿里骑兵支队，1985年9月，第18团执行教导团编制。1993年11月，步兵第18团改编为机械化步兵团。
炮兵团：代号69216
部队,驻疏勒县,原代号部队。拥有83式、66式加榴炮营各一个。一个防空营、一个通信营、一个舟桥连、一个工兵营、一个修理营、一个特务连。
防空兵团：代号69218 部队,驻莎车县,全军唯一的一个师属防空团。&
新疆军区喀什骑兵第三团
喀什骑兵第三团系于1953年3月由中国人民解放军五军十三师三十八团整编的独立团，团部驻喀什市西北郊荒地村。1968年4月奉命撤销。
新疆军区独立师第三团
日，新疆军区独立师第三团进驻喀什，团部驻今地区土产公司院内。1970年3月，该团奉命调往乌鲁木齐。
喀什独立步兵营
喀什独立步兵营于1964年组建，驻喀什市乃则尔巴格乡境内。1983年奉命撤销。
新疆军区驻喀什守备某部
新疆军区驻喀什守备某部组建于1983年4月，归南疆军区领导。 1985年部队整编，该部改称兰州军区守备某部。
兰州军区守备11团----喀什市]-[36992部队]
1983年4月，喀什守备部队成立，归南疆军区领导，驻疏附县。90年代初整编。
红其拉甫边境会谈会晤站
1968年7月，水布浪沟边境会谈会晤站成立，隶属南疆军区。1973年春，边境会谈会晤站移至红其拉甫，称红其拉甫边境会谈会晤站。1
977年6月，边境会谈会晤站隶属喀什军分区领导。1983年7月，边境会谈会晤站分为红其拉甫边防检查站和红其拉甫边境会谈会晤站。1
987年9月，会谈会晤站转为南疆军区建制，1 994年又归喀什军分区领导。
卡拉苏边境会谈会晤站
卡拉苏边境会谈会晤站于日成立，隶属喀什军分区。
红其拉甫边防检查站
1983年7月，红其拉甫边防检查站从边境会谈会晤站中分出，编入武警部队序列，隶属于武警新疆总队。1
986年6月，编入武警边防部队，隶属于武警新疆边防总队。
边防检查站
1968年8月建罗卜盖孜边防检查站，1970年撤销。&
陆军第十二医院
原为二军医院，1949年进疆。1951年，改称南疆军区医院，1953年改称中国人民解放军第十二医院，属南疆军区管辖。
南疆军区后勤部叶城中心兵站
50年代末，阿里运输指挥所撤销，建立叶城基地兵站。1979年1月，新疆军区后勤部叶城基地扩编为新疆军区后勤第32分部（36432部队），同年5月改称乌鲁木齐军区后勤第32分部。1981年6月，乌鲁木齐军区后勤第32分部撤销番号，缩编为叶城基地兵站（36432部队），执行团级权限，隶属南疆军区后勤部建制。
1994年5月，以原南疆军区后勤部叶城基地兵站（36432部队）为基础，扩编为兰州军区后勤第32分部（36432部队）。1998年10月，改称兰州军区联勤第32分部。1999年6月，改称中国人民解放军第32联勤分部（36393部队）。1999年11月，改称中国人民解放军联勤第32分部。2004年10月，兰州军区联勤第32分部撤销番号，缩编为南疆军区后勤部叶城中心兵站。
日，中国人民解放军二军四师十二团二营，由伽师县进驻岳普湖县，1951年调离。
1950年春，新疆军区王震代司令员向全疆部队发布开展大生产运动的命令，二军四师十二团一营一连、二连、机枪连奉命由伽师县进入岳普湖县东部木华里地区开荒生产。1953
年春，该营整编为新疆军区农业生产建设第一师第三连。1955年就地转业，发展成为现今的农三师四十二团场。
1950年4月，组建岳普湖县县公安队，隶属县公安局。1954年改称岳普湖县人民警察中队，实行县公安局和喀什专区民警大队双重领导。其间，年县民警中队编为解放军序列，由县人民武装部管理。1982年12月，中国人民武装警察部队喀什地区支队成立后，县民警中队改称武警中队，隶属喀什武警支队领导。
日，中国人民解放军步兵第四师十一团驻莎车县。1953年1月，以十一团为基础，整编为步兵第四师十团，1965年3月该团调防至和静县。
第22兵团骑兵第8师
日，根据中央人民政府革命军事委员会命令，新疆起义部队改编为中国人民解放军22兵团。日，原国民党莎车驻军骑兵第四旅改编为中国人民解放军骑兵第八师，驻莎车。1952年3月调防精河县。1953年5月
骑兵第8师整编为中国人民解放军工程建设第1师，驻石河子。1955年该师改为玛纳斯河水利工程处
第2军第4师
1949年2月，由西北野战军第2纵队独立第4旅改称中国人民解放军第2军第4师。1952年3月第2军第四师进驻莎车县，1953年3月调防喀什,改编为国防师，命名为“中国人民解放军步兵第4师”，归新疆军区建制。1978年10月，第4师整编为新疆军区第一个摩托化师，1985年，整编为新疆军区步兵第4师，执行北方甲种摩托化步兵师编制。
1996年，第4师列入应急机动作战部队。
解放军第273医院
1961年底，273医院进驻莎车，1975年调新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州库尔勒市铁门关路
日，中国人民解放军新疆军区步兵十六团进驻莎车县。
日至27口，36220部队(步兵六师)驻防莎车至今。
1982年，36312部队(汽车29团)进驻叶城。
步兵六师第16团----叶城县]-[36123部队]
陆军十八医院
1963年，中国人民解放军野战第一五二医院进驻叶城县，1983年改为陆军十八医院。
1975年，成立叶城运输总站，迸驻叶城后改为36432部队(新疆军区后勤第32分部)。
1972年，经中央军委批准组建阿里留守处，由喀什搬迁到叶城，隶属于阿里军分区建制。
此外，1970年初，36978部队两个连进驻叶城县进行训练，后编为36020部队维护二营。
1949年11月，中国人民解放军十二团团直和一营官兵进驻伽师县。1953年，迁至巴楚县。
1949年11月，中国人民解放军二军四师进驻疏附。1950年1月，在县城成立喀什卫戍司令部。1955年，因老县城析置喀什市，县城迁入新址——托克扎克镇，城内没有固定驻军。
1950年5月中国人民解放军二军四师十一团二营驻屯泽普县，1954年移驻莎车。
1962年8月，中国人民解放军某部队进驻泽普县，待命赴中印边界参加反击印度武装进攻的自卫反击战，10月，开赴前线，11月，获胜撤回，1965年移驻莎车。
1968年中国人民解放军陆军六师水上中队集结待命，进驻泽普县，1976年11月划归新疆军区某部队管辖。
1975年10月，中国人民解放军某部队进驻泽普县。
喀什军分区边防13团----泽普县][36923部队]
日，新疆军区生产建设兵团现役步兵第2团是由原新疆军区生产建设兵团农2师现役营扩编而成，代号疆字第902部队，团部驻地巴音郭楞蒙古族自治州焉耆县。
日，以新疆军区生产建设兵团现役步兵第2团为基础，组建边防第13团，隶属南疆军区。团部驻地泽普县.
1949年11月上旬，中国人民解放军二军四师十二团进驻巴楚，部队在县城停留1天，次日即开赴伽师县。日该团三营进驻巴楚，1953年5月撤离。
塔什库尔干县
喀什军分区边防12团----塔什库尔干县][36922部队]
1966年7月，由伊犁军区步兵第1、2营和伊犁地区公安支队整编为伊犁军区独立团。
1969年5月，伊犁军区独立团同新疆军区独立步兵第3团对调番号，独立团改称新疆军区独立步兵第3团，归南疆军区建制。
1975年8月，新疆军区独立步兵第3团与水布浪沟边防检查站整编为边防第12团，归喀什军分区建制。
1987年10月，喀什军分区撤消，该团转隶南疆军区建制。
1990年8月，重建喀什军分区。
1994年10月，该团转隶喀什军分区建制。
1952年3月，为统一边卡防务，第一野战军第一兵团第二军教导团3营接替蒲犁各卡守卫任务，改编为边卡营，担负赛图拉、蒲犁防区防务。1953年初，整编为步兵四师十一团三营（仍执行守防任务）。1955年步兵四师十一团三营扩编为公安边防第四十九团，该团于日改称中国人民解放军南疆军区公安边防团，
1959年4月改称为新疆军区骑兵第六团，1961年改编为新疆军区步兵第二团，另组建边防营。
武警边防大队
武警边防大队组建于1962年。1963年2月，更名为公安边防大队。1980年，更名为喀什地区边防武装警察支队塔什库尔干塔吉克自治县大队，为正营级。2002年8月，自治县武警边防大队升格为副团级，并成立机动中队（正连级）
武警塔什库尔干塔吉克自治县中队
950年，1959年更名武装民警中队，1966年改为人民解放军序列，隶属自治县人民武装部，1975年移交县公安部门管理。1983年更名为武警塔什库尔干塔吉克自治县中队，隶属武警新疆总队喀什地区支队
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